БашГУ — лидер по подготовке профессионалов в области математических и естественных наук, наук об обществе и гуманитарных наук среди республиканских вузов. Университет и его филиалы вносят вклад в подготовку кадров в сфере инженерного дела, технологий, технических наук и педагогики.

Сегодня в Башкирском государственном университете самый широкий спектр образовательных программ в Башкортостане. Наряду с традиционными направлениями подготовки вуз ежегодно открывает новые перспективные направления, среди которых «Биоинженерия и биоинформатика», «Биотехнология», «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем», «Информационная безопасность», «Электроника и наноэлектроника», «Наноматериалы», «Теология», «Востоковедение и африканистика», «Перевод и переводоведение», «Психология служебной деятельности» и другие.

БашГУ активно внедряет в образовательный процесс дистанционные технологии и электронное обучение. В университете создан специальный портал: sdo.bashedu.ru. Он объединяет электронные курсы, которые используются в рамках изучаемых дисциплин по различным образовательным программам.

Важное направление деятельности университета — развитие системы непрерывного образования. В БашГУ действуют более 200 программ дополнительного образования для людей всех возрастов, в том числе программы профессиональной переподготовки и курсы повышения квалификации.